BAGOT omogućuje vođenje robno-materijalnog knjigovodstva posebno prilagođenog gospodarenju otpadom i povezanim tokovima.
Sustav evidentira kretanje materijala i otpada unutar objekta, između organizacijskih jedinica i prema vanjskim subjektima. Posebna pažnja posvećena je mogućnosti automatskog obračuna troškova prema unaprijed definiranim kriterijima. Korisnik može jednostavno pratiti troškove oporabe i zbrinjavanja otpada po vrsti otpada, organizacijskoj jedinici, partneru ili vrsti usluge (kontejner, prijevoz, manipulacije...).
Knjigovodstvo je uvezano s evidencijama otpada i proizvedenim dokumentima, čime se osigurava točnost i automatizacija unosa. Nije potrebno za navedeno izrađivati ili unosti fakture ili troškovne jedinice, ali korisnici dobivaju sve potrebne izvještaje za financijsko upravljanje i budžetiranje.
Sustav olakšava interno izvještavanje te podržava donošenje upravljačkih odluka.